Le Mosteiro de Santa Maria de Alcobaça fut fondé en 1153 par le roi Afonso Henriques — premier roi du Portugal — en action de grâce pour la reconquête de Santarém aux Maures en 1147. Il offrit les terres d'Alcobaça à l'ordre cistercien de Bernard de Clairvaux, qui entreprit en 1178 la construction d'une abbaye austère. L'église fut consacrée en 1252. Durant les six siècles suivants, Alcobaça demeura la plus puissante institution religieuse du Portugal, contrôlant de vastes domaines agricoles à travers l'Estremadura.
Sur le plan architectural, Alcobaça représente l'expression la plus pure du gothique cistercien dans la péninsule Ibérique. L'église — longue de 106 mètres, la plus longue du Portugal — respecte le modèle rigoureux imposé par l'ordre : haute, étroite, dépouillée, avec une lumière maîtrisée par des fenêtres hautes plutôt que par des vitraux, et une absence totale de sculpture figurative dans la nef. Les abbayes cisterciennes furent conçues pour la contemplation dans l'austérité. Le Cloître du Silence — ajouté sous le règne de Dinis en 1308 — compte parmi les plus beaux espaces du Portugal médiéval.
L'élément le plus visité de l'abbaye est la paire de tombeaux royaux dans le transept : le roi Pedro I, mort en 1367, et Inês de Castro, sa maîtresse galicienne dont l'assassinat sur ordre de la cour en 1355 déclencha la crise dynastique de la fin du XIVe siècle. Après son accession au trône, Pedro fit exhumer Inês, la couronna à titre posthume et la fit placer dans ce duo de tombeaux sculptés en calcaire, pieds contre pieds, afin qu'au Jour du Jugement, lorsque les morts se lèveront, ils se voient en premier. L'UNESCO a inscrit le monastère au patrimoine mondial en 1989.