Mosteiro de Santa Maria de Alcobaça zostało założone w 1153 roku przez króla Afonso Henriquesa — pierwszego króla Portugalii — jako wyraz wdzięczności za zdobycie Santarém na Maurach w 1147 roku. Król przekazał ziemie Alcobaça zakonowi cystersów Bernarda z Clairvaux, który w 1178 roku rozpoczął budowę surowego nowego opactwa. Kościół został konsekrowany w 1252 roku. Przez kolejne sześć stuleci Alcobaça pozostawało najpotężniejszym domem zakonnym w Portugalii, kontrolującym rozległe dobra rolne w całej Estremadurze.
Pod względem architektonicznym Alcobaça stanowi najczystszą ekspresję gotyku cysterskiego na Półwyspie Iberyjskim. Kościół — o długości 106 metrów, najdłuższy w Portugalii — wiernie podąża za ścisłym szablonem wyznaczonym przez zakon: wysoki, wąski, pozbawiony dekoracji, ze światłem kontrolowanym przez okna clerestorium zamiast witraży oraz całkowitym brakiem figuralnych rzeźb w nawie głównej. Opactwa cysterskie projektowano z myślą o kontemplacji w ascezie. Claustro do Silêncio — dobudowany za panowania króla Dinisa w 1308 roku — należy do najwspanialszych pomieszczeń średniowiecznej Portugalii.
Najbardziej uczęszczanym elementem opactwa jest para królewskich grobowców w transepcie: króla Pedra I, zmarłego w 1367 roku, oraz Inês de Castro, jego galicyjskiej kochanki, której morderstwo na rozkaz dworu w 1355 roku wywołało kryzys dynastyczny końca XIV wieku. Po objęciu tronu Pedro kazał ekshumować Inês, pośmiertnie ją ukoronował i umieścił w tej parze rzeźbionych grobowców z wapienia, stopa przy stopie, aby w Dniu Sądu Ostatecznego, gdy umarli powstaną, ujrzeli się wzajemnie jako pierwsi. UNESCO wpisało klasztor na Listę Światowego Dziedzictwa w 1989 roku.