Il Mosteiro de Santa Maria de Alcobaça fu fondato nel 1153 dal Re Afonso Henriques — primo sovrano del Portogallo — in ringraziamento per la conquista di Santarém dai Mori nel 1147. Egli concesse le terre di Alcobaça all'ordine cistercense di Bernardo di Chiaravalle, che avviò la costruzione di una nuova abbazia austera nel 1178. La chiesa venne consacrata nel 1252. Per i sei secoli successivi, Alcobaça fu la casa religiosa più potente del Portogallo, controllando vasti possedimenti agricoli in tutta l'Estremadura.
Dal punto di vista architettonico, Alcobaça rappresenta l'espressione più pura del gotico cistercense nella Penisola Iberica. La chiesa — lunga 106 metri, la più lunga del Portogallo — segue il rigoroso modello stabilito dall'ordine: alta, stretta, priva di ornamenti, con la luce filtrata da finestre del cleristorio anziché vetrate policrome, e una completa assenza di sculture figurative nella navata. Le abbazie cistercensi erano concepite per la contemplazione nell'austerità. Il Cloister of Silence — aggiunto sotto il Re Dinis nel 1308 — è uno degli ambienti più insigni del Portogallo medievale.
L'elemento più visitato dell'abbazia è la coppia di tombe reali nel transetto: Re Pedro I, deceduto nel 1367, e Inês de Castro, la sua amante galiziana il cui assassinio per ordine della corte nel 1355 scatenò la crisi dinastica del tardo XIV secolo. Dopo la sua ascesa al trono, Pedro fece riesumare Inês, incoronarla postumamente e collocarla in questa coppia di tombe gemelle scolpite in calcare, disposte piede contro piede, affinché nel Giorno del Giudizio, quando i morti risorgeranno, i loro sguardi si incontrassero per primi. L'UNESCO ha iscritto il monastero nella Lista del Patrimonio Mondiale nel 1989.