Mosteiro de Santa Maria de Alcobaça werd in 1153 gesticht door koning Afonso Henriques — de eerste koning van Portugal — als dankbetuiging voor de verovering van Santarém op de Moren in 1147. Hij schonk de landerijen van Alcobaça aan de cisterciënzer orde van Bernard van Clairvaux, die in 1178 begon met de bouw van een sobere nieuwe abdij. De kerk werd in 1252 ingewijd. De daaropvolgende zes eeuwen was Alcobaça het machtigste religieuze huis van Portugal en beheerde het uitgestrekte landbouwdomeinen in de hele regio Estremadura.
Architectonisch gezien is Alcobaça de zuiverste uitdrukking van cisterciënzer gotiek op het Iberisch schiereiland. De kerk — 106 meter lang, de langste kerk van Portugal — volgt het strikte bouwplan van de orde: hoog, smal, onversierd, met lichtinval via bovenlichten in plaats van gebrandschilderd glas, en een volledige afwezigheid van figuratieve beeldhouwkunst in het schip. Cisterciënzer abdijen waren ontworpen voor contemplatie in soberheid. De Clooster van de Stilte — toegevoegd onder koning Dinis in 1308 — behoort tot de voortreffelijkste ruimtes van middeleeuws Portugal.
Het meest bezochte element van de abdij is het tweetal koninklijke grafmonumenten in het transept: koning Pedro I, die in 1367 overleed, en Inês de Castro, zijn Galicische geliefde wier moord op bevel van het hof in 1355 de dynastieke crisis van de late 14e eeuw ontketende. Na zijn troonsbestijging liet Pedro Inês opgraven, postuum kronen en bijzetten in dit passende paar gebeeldhouwde kalkstenen grafmonumenten, voet aan voet, zodat zij elkaar op de Dag des Oordeels, wanneer de doden verrijzen, als eersten zouden zien. UNESCO plaatste het klooster in 1989 op de Werelderfgoedlijst.